南澎列岛海洋生态自然保护区位于南海东北端与台湾海峡西南端交汇的广袤海面上，地处福建、广东、台湾3省及东海与南海两海的交汇处，地理位置紧贴北回归线，区位优势明显，水文气候条件独特，海底地形地貌奇妙，保护区内众多的岛屿、棋布的礁岩仍然保持着原始的自然状态。

在国家加大对海洋环境保护力度的大背景下，1999年南澳县人民政府以“关于同意设立南澎列岛—勒门列岛自然保护区的批复”（南府函[1999]2号），批准同意设立县级自然保护区，2000年汕头市人民政府以“关于同意设立南澎—勒门列岛升格为市级海洋自然保护区的批复（汕府函[2000]171号）”，批准同意升格为市级自然保护区，2003年广东省人民政府以“关于南澎列岛海洋生态自然保护区等为省级保护区的批复”（粤府函[2003]196号），批准同意南澎列岛海洋生态自然保护区升格为省级保护区。2012年1月份，经国务院批准，南澎列岛海洋生态自然保护区由省级自然保护区晋升为国家级保护区(国办发[2012]7号)。南澎列岛海洋生态自然保护区的建立和发展历程，印证了我国对海洋环境保护的日益重视，也见证了南澎保护区海域渔业资源日渐恢复的过程。2012年被中国科协授予“全国科普教育基地”称号。

保护区以南澎列岛周边海域为中心，总面积35679公顷，其中核心区、缓冲区和实验区面积分别为12581公顷、11285公顷和11813公顷。

保护区的底质极为特殊，以岩礁、砂、沙砾和砂泥等为主，海底粗糙，起伏不平，礁石林立，生境多样；保护区具有典型的上升流生态系统、岩礁生态系统、海藻场生态系统和珊瑚生态系统。因此，保护区的主要保护对象为独特的海底自然地貌与近海海洋生态系统、重要珍稀濒危海洋动物与渔业种类及其栖息地、丰富的海洋生物多样性。

保护区已发现栖息有各种海洋生物1308种，分属20门、113目、357科，其中脊索动物门有20目、99科314种。保护区内有多种珍稀濒危保护动物，其中国家Ⅰ级保护动物2种，国家Ⅱ级保护动物15种，广东省重点保护重点动物8种，此外，还有60多种世界濒危鸟类、国际重点保护的珍贵候鸟常年栖居于保护区内的海岛上。主要经济鱼类、虾蟹类、贝类和藻类772种，其中具有重要经济价值的主要渔业品种60多种，引誉东南沿海的“澎菜”、”“宅鱿”主要产自保护区附近海域。

保护区地理位置紧贴北回归线，为热带向亚热带的过渡区，属南亚热带气候，因其丰富的海洋生物多样性和海洋生态系统多样性，成为“南中国海典型的海洋生物资源宝库”、“中国南海北部活的自然博物馆”，并被列为联合国海洋生物多样性保护示范区，是研究地球上最具生命力的上升流生态系统和珊瑚生态系统、海洋生物多样性、全球气候变化、海洋珍稀濒危物种、生态环境演化的典型地区，也是近海海洋生态科普、教育实习和生态旅游的理想基地，具有重大的科学研究价值和科普宣传意义。